Il est composé de 5 représentants des institutions fondatrices, de 3 représentants élus des chercheurs et enseignants-chercheurs et de 5 personnalités qualifiées. La direction, un représentant du personnel de la FMJH et un représentant du Recteur de l'Académie de Versailles sont invités permanents.
Le Conseil d’Administration se réunit deux fois l’an.
Les membres du conseil d'administration
Les membres
Représentants des fondateurs
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Michel Guidal
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Philippe Maître
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Kees van der Beek
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Emmanuel Ullmo (vice-président)
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Christophe Besse
Élus
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Marc Massot
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Elisabeth Bouscaren
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Agnès Desolneux
Personnalités qualifiées
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Yves Berthou
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Valérie Kniazeff
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Cédric Demeure
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Christoph Sorger (président)
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Stéphane Seuret
Les invités permanents
La direction
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Pascal Massart
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Isabelle Jasinowski
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Mathilde Mougeot
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Vincent Bansaye
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Yvan Martel
Les représentants du personnel
- Magali Le Chaponnier
Les représentants de la région académique Ile de France